Llegó a afirmar en una entrevista: "...tener amigos es muy peligroso, pues una vez se han ganado tu confianza, no sabes distinguir cuando te ayudan o cuando te pueden traicionar". Esto sería premonitorio, y así en 1987, cuando Tosh parecía caminar hacia un renacimiento de su carrera, el 11 de Septiembre, justo después de que regresara a su casa en Jamaica, una pandilla de tres hombres llegaron a su casa pidiéndole dinero. Tosh respondió que no tenía nada con él, pero no le creyeron. Se alojaron en su residencia durante varias horas en un intento de extorsionar a Tosh. En ese momento, llegaron muchos de los amigos de Tosh para darle la bienvenida tras su regreso a Jamaica. Eso incrementó la frustración de los hombres armados, sobre todo el líder de la banda, "Leppo" Lobban Dennis, de quien Tosh se había hecho amigo y al que trató de ayudar a encontrar trabajo después de una larga condena en prisión. Al parecer, "Leppo" Lobban Dennis puso una pistola en la cabeza de Tosh y disparó dos veces, causándole la muerte. Los hombres armados comenzaron a disparar, hiriendo a varias personas y matando al disc jockey Jeff "Free me" Dixon. Leppo se entregó a las autoridades. Fue condenado a muerte, pero su sentencia fue apelada en 1995 y permanece en prisión.
Muchas fueron las especulaciones sobre la muerte de Peter. De los asesinos de Tosh sólo se entregó Dennis ‘Leppo’ Lobban, a quien, paradójicamente, Tosh había ayudado a rehacer su vida tras su salida de la cárcel. De los otros dos nunca se supo nada, aunque se rumorea que fueron baleados en las calles como venganza. El gobierno no siguió investigando, quizás porque le convenia ver a Tosh muerto.
Así murió una gran figura del movimiento rastafari, luchador y ferviente activista por la legalización de la marihuana y contra el apartheid, promotor de un nuevo orden social, que quiso terminar con la corrupción, los abusos y la hipocresía que azotaban (y azotan) a Jamaica y el mundo. Para muchos fue la estrella más importante del Reggae Político, que pasó también por el ska y el rocksteady en algunas de sus épocas. El legado de Peter Tosh no se olvidará nunca mientras aún existan almas rebeldes e insumisas que quieran escuchar su mensaje y luchar por los derechos de los hombres.
En agosto de 2012 se anunció que Tosh sería galardonado con el cuarto título de mayor honor en Jamaica, "The Order of Merit", en octubre de ese mismo año.
